Sprawdź "paint-mono":
http://code.google.com/p/paint-mono/Jest to nieoficjalny port Paint.Net na linuksa.
Niestety program nie był już od dość dawna aktualizowany i nie wiadomo co z nowymi wersjami, ale warto zobaczyć jak to działa.
Jest jeszcze np. "Inkscape" i "GIMPshop".